Os eventos de Battle City se concluíram e Yugi agora tem as 3 cartas de Deuses Egípcios. Seto Kaiba quer derrotá-lo, e ele tem um plano para isso. Ele desconfia que Maximilian Pegasus criou um jeito de derrotar os Deuses Egípcios já que ele os criou.  Kaiba vai para o castelo de Pegasus e o desafia a um duelo. Se Pegasus vencer, fica com os três Dragões Brancos de Olhos Azuis. Se Kaiba vencer, Pegasus lhe dá a carta que derrota os Deuses Egípcios. Kaiba vence, e Pegasus cumpre a promessa: Kaiba pega duas cartas dos baralhos de Pegasus. Entretanto, Pegasus criou apenas uma carta para derrotar os Deuses, então de onde veio a outra?  Enquanto isso, Yugi e Téa, procurando refúgio de duelistas que queriam os deuses de Yugi, acabam no museu de Domino City, e se deparam com a nova atração do museu: a Pirâmide de Luz, que se parece muito com o Enigma do Milênio. O avô de Yugi, que visitava o museu no mesmo instante, lê a inscição no sarcófago, fazendo com que Yugi tenha uma visão: dele completando o Enigma do Milênio, a Pirâmide de Luz, Anúbis e Kaiba. Quando ele acorda, a Pirâmide foi roubada, o sarcófago vazio e encontra Mokuba o esperando. Mokuba diz que Kaiba quer que Yugi dê o Disco de Duelo dele na Kaiba Corp imediatamente. Yugi o faz, transformando-se em Yami Yugi no caminho, encontrando Kaiba pronto para duelar. Seto manda Mokuba fechar todas as saídas forçando Yugi a duelar com ele, mas não antes de Tristan e Joey encontrarem um locar para assistir o duelo.  O duelo parece durar uma eternidade e Yugi suspeita que forças das trevas agem no local - especialmente quando Kaiba ativa uma armadilha chamada Pirâmide de Luz, que faz com que Yugi não possa utilizar nenhum dos três Deuses Egípcios. Mais a frente, Kaiba possui o Dragão Supremo de Olhos Azuis e para surpresa de Yugi, ele o sacrifica para colocar um monstro muito mais poderoso: o Dragão Luminoso de Olhos Azuis!  A Pirâmide de Luz suga as almas de Joey, Tristan e Yugi para o Enigma do Milênio, onde eles encontram um exército de múmias controladas por uma força desconhecida.  Kaiba quer a vitória perfeita, e planeja usar os Deuses Egípcios de Yugi contra ele e, para isso, ele planeja retornar os Deuses com a carta Return from the Different Dimmension, mas antes ele precisa destruir a Pirâmide de Luz, que faz com que os deuses sejam removidos. Para isso ele utiliza o efeito Supernova do Dragão Luminoso de Olhos Azuis( se sacrifica para destruir qualquer carta no campo ) para destruir a Pirâmide de Luz. Então, uma voz fantasmagórica diz:" A pirâmide de luz fica, porque assim eu desejo, porque grande é o meu poder." Então um homem surge por trás de Kaiba, o joga para o lado e assume o duelo.  Ele é Anúbis, o Deus Egípcio dos mortos, que o faraó destruiu 5000 anos atrás. Mas agora ele voltou com a Pirâmide de Luz e sua arma secreta: Theinen the Great Sphinx!! Enquanto isso, Téa, Tristan, Joey e Yugi estão no Enigma do Milênio, deixando o faraó sozinho. Colocando toda sua fé nas cartas, Yami Yugi pega a carta Double Spell, que o permite descartar uma carta mágica para utilizar o Monstro que Renasce do Cemitério de Kaiba, renascendo o Dragão Luminoso de Olhos Azuis e utilizando o efeito supernova para destruir a pirâmide de Luz( enfraquecida por Yugi dentro do Enigma do Milênio ). Com a pirâmide destruída, Theinen também o é logo após e Anúbis parece estar derrotado. Porém, um grande chacal, a forma egípcia de Anúbis, surge dos restos da Pirâmide. Kaiba e Yugi unem forças e focam os esforços no Dragão Luminoso de Olhos Azuis e destroem Anúbis de uma vez por todas. Pegasus, que chegou por meio de um helicóptero para ajudar, os auxilia a escapar antes da explosão.